Si laurea in Storia e Filosofia all'Università di Gor'kij, e dopo aver lavorato come documentarista per la televisione si diploma alla prestigiosa scuola nazionale di cinema di Mosca VGIK nel 1979. In quegli anni diviene amico di Andrej Tarkovskij, che lo difese quando fu osteggiato dalle autorità per le sue scelte stilistiche. Da alcuni è considerato suo erede, appellativo da lui comunque rifiutato. Tra le sue prime opere figurano numerosi documentari.
Il suo film Arca russa (2002) rappresenta un notevole esempio della padronanza tecnica dell'autore: girato al Museo dell'Hermitage, è un unico piano sequenza di 96 minuti, con l'utilizzo contemporaneo di 33 set e circa mille tra attori e comparse. Per i suoi lavori ha ricevuto vari premi tra cui: Berlino, Cannes, Mosca, Toronto, Locarno (Pardo d'onore 2006). Nel 2003 il Torino Film Festival gli ha dedicato una retrospettiva completa, la prima in Italia sul regista russo. Nel 2009 pubblica presso Bompiani la sua raccolta di scritti Nel centro dell'oceano. Sokurov ha vinto il Leone d'oro a Venezia 2011 con il film Faust.
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